Требуется на ранних стадиях заболевания, когда кондиломы малы и похожи на шероховатость поверхности. Основным методом диагностики является цитологическое исследование мазков. Наличие койлоцитоза считается наиболее приемлемым критерием диагноза.
При возможности, женщинам с подтвержденной ВПЧ-инфекцией необходимо сделать кольпоскопию и взять биоптат для исследования. ПЦР может применяться при малосимптомных или бессимпомных формах заболевания, а также для определения типа вируса.