Экстрагенитальные твердые шанкры могут возникать на любом участке кожного покрова и слизистых оболочек. Чаще всего они располагаются в области рта и заднего прохода.
Твердый шанкр в области заднего прохода, располагаясь в складках, имеет вид трещины с незначительным уплотнением в основании, при пальпации часто болезненный, кровоточит при дефекации. При расположении на слизистой оболочке прямой кишки первичная сифилома может быть выявлена лишь с помощью ректального зеркала или при ректоскопии.