Наиболее частый путь передачи инфекции – половой. Редко возможен неполовой путь заражения (например, при пользовании общими полотенцами и т.п.). Инкубационный период варьирует в пределах от 1 до 14 дней, в среднем 2-5 дней. Гонококки с помощью ворсинок и некоторых поверхностных белков (Opa) прикрепляются к эпителиальным клеткам и проникают в них путем пиноцитоза, а через межклеточные щели достигают субэпителиального пространства. Инвазия гонококков и разрушение клеток эпителия под действием эндотоксина сопровождается сильно выраженной воспалительной реакцией, образованием микроабсцессов и эксудацией гнойного материала в полость органа. Большая часть гонококков разрушается в процессе фагоцитоза, часть гонококков не переваривается фагоцитами. Гонококки проникают в кровяное русло, но не погибают под действием бактерицидных факторов сыворотки крови. Происходит диссеминация возбудителя и генерализация инфекции. Свойство гонококков противостоять защитным силам организма приводит к сохранению инфекции. Этому способствует и их антигенная изменчивость и приобретение устойчивости к антибиотикам.