Подозрение на гонорею возникает при выделениях из уретры у мужчин и влагалища у женщин сексуально-активного возраста. Только идентификация Neisseria gonorrhoeae позволяет поставить правильный диагноз. Дифференциальная диагностика проводится с негонококковым уретритом у мужчин и другими инфекциями, характеризующимися выделениями из влагалища. У мужчин со свежей гонореей с симптомами при микроскопии мазков выявляются грамотрицательные гонококки, расположенные вне и внутри лейкоцитов. При бессимптомном течении или хронической форме гонореи доля положительных находок снижается до 50-70%. В этих случаях, а также у женщин с подозрением на гонококковую инфекцию рекомендуется материал из уретры и шейки матки направлять как для микроскопического исследования, так и выделения чистой культуры, у девочек и женщин старше 60 лет – только культуральное исследование. Метод прямой иммунофлуоресценции не является достаточно чувствительным и специфичным. В последние годы разработаны неинвазивные методы, позволяющие определять в моче ДНК возбудителя. Через 7-10 дней проводят контрольное исследование.